تُمنح الجائزة ضمن فئتين كما يلي:

• الفئة الأولى: جائزة الابتكار والإبداع في البحث العلاجي والسريري والطبي:
  تُمنح هذه الجائزة لعدد ثلاثة أطباء من الأطباء البحرينيين الذين أعدوا ابحاثًا علمية علاجية وسريرية وطبية وحققوا انجازات متميزة في مجال اختصاصهم الطبي تتسم بالإبداع والابتكار، وتُمنح لهم الجائزة تقديراً لهم وتشجيعًا للبحث العلمي العلاجي والسريري والطبي وتنميةً لقدراتهم البحثية، ويشترط للتقدم لهذه الجائزة أن تكون الأبحاث قد نُشرت في دورية علمية معترف بها عالمياً، ولم يسبق التقدم بها إلى مسابقات وجوائز أخرى.
  
  
• الفئة الثانية: جائزة الوفاء والعطاء الممتد:
  تمنح هذه الجائزة لأحد الأطباء البحرينيين الذين عملوا مدة لا تقل عن ثلاثين عامًا، وتميزت مسيرته بالبذل والعطاء طوال رحلة عمله وأسهم في تعليم غيره من الأطباء القيم والمثل الإنسانية الرفيعة، وتُمنح له الجائزة تقديراً لجهوده ووفاءً لعطائه.

تتكون جائزة خليفة بن سلمان آل خليفة للطبيب البحــــريني من درع وشهادة ومبلغ مالي لكل فئة من فئات الجائزة.